全会員の総意を表す議決機関が総会で、会務の実際の運営、執行は理事会（理事35名、互選により会長1 名、副会長2名）によって行われています。理事会を補佐するために幹事会が設けられています。このほか会長の諮問機関として評議員会があり、会務・会計監査のため監事が選任されています。
| 会長 | 髙橋 利宏 | 石油資源開発株式会社 |
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| 副会長 | 島本 辰夫 | 株式会社ＩＮＰＥＸ |
| 副会長 | 吉良 仁秀 | ENEOS Xplora 株式会社 |
| 会誌編集委員長 | 小林 肇 | 東京大学大学院 工学系研究科 |
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| 探鉱技術委員長 | 佐藤 雅紀 | 石油資源開発株式会社 |
| 作井技術委員長 | 北村 龍太 | 独立行政法人エネルギー・金属鉱物資源機構 |
| 生産技術委員長 | 村上 貴浩 | ENEOS Xplora 株式会社 |
| ＣＣＳ委員長 | 長縄 成実 | 秋田大学 |
| ＨＳＥ委員長 | 吉田 剛 | 株式会社ＩＮ P E X |
| 国際技術委員長 | 山本 晃司 | 独立行政法人エネルギー・金属鉱物資源機構 |
| 資源経済委員長 | 岩間 剛一 | 和光大学経済経営学部 |
| ホームページ委員長 | 島本 辰夫 | 株式会社ＩＮＰＥＸ |
組織の形態は下記リンク先に示すとおりです。